財団法人日本自然保護協会は、NPOやNGO、研究機関などを対象に、プロ・ナトゥーラ・ファンド助成の募集を行う。
プロ・ナトゥーラ・ファンドは、財団法人自然保護助成基金が助成資金を出資し、日本自然保護協会が応募申請の受け付けや審査から発表会の開催、報告書の作成に至るまでの助成の進行全体の管理事務を担当する、2つの財団が共同事業として実施してきた助成事業。
これまでの13期で、国内海外合わせて計262件、約2億9,215万円を助成し、国内海外を問わず、市民グループや研究者による自然保護のための調査や活動の支援を行ってきた。
応募資格は、国内助成では、自然環境保全およびその研究を目的とする市民団体に属するグループや、大学研究室、研究機関、公益法人などに属するグループ、海外の団体や国際団体に属し、日本で活動しているグループなど。海外助成では、OECD非加盟国（中国・ロシア・東欧を含む）で、自然環境保全を目的とする研究に従事する個人または団体（日本人でも可）。ただし、日本人の推薦者を経由して申請する必要がある。
国内研究助成（自然保護のための調査研究）は、野生動植物・生態系の保全についての調査研究や保護問題解決のための調査研究が対象。国内活動助成（自然保護・普及のための活動）では、野生動植物、生態系の保護活動や、自然保護教育の推進、保護思想の啓蒙のための活動が対象。海外助成（海外での自然保護のための調査研究）では、野生動植物・生態系の保全についての調査研究が対象となる。
今期の助成総額は2,200万円以内。助成期間は2003年10月〜2004年9月としている。
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